Ķīmiskos dezinfekcijas līdzekļus raksturo to iedarbības veids un  kopumā var sadalīt divās grupās – oksidējošie un neoksidējošie.

Oksidējoši dezinfekcijas līdzekļi, piemēram, nātrija hipohlorīts, peroksietiķskābe un ūdeņraža peroksīds uzbruks visu šūnu materiāliem un apturēts mikroorganismu funkcionēšanu. Diemžēl tie iedarbosies arī uz jebkuru ēdienu atliekām, kas būtībā neitralizēs dezinfekcijas līdzekli un samazinās tā efektivitāti.

Neoksidējoši dezinfekcijas līdzekļi, piemēram, četraizvietotā amonija savienojumi (QACs) ir vairāk izsmalcināti savā darbībā. Viņi iekļūst šūnas sieniņās un traucē fosfora-lipīdu molekulas, kas veido šūnu membrānu, pēc tam viņi bloķē metabolisma ceļus, kas ir nepieciešami, lai organisms izdzīvotu un tādā veidā organismi iet bojā.

Nātrija hipohlorīts

Nātrija hipohlorīts ir ļoti efektīvs pret visiem mikroorganismu veidu (ieskaitot sporas). Tas ir lēts, salīdzinot ar citiem dezinfekcijas līdzekļiem un to neietekmē ciets ūdens. Šķīduma efektivitāte ir atkarīga no pH.Jāuzmanās ar Nātrija hipohlorīta uzglabāšanu, jo produkts dabiski, zaudēs pieejamo hloru ( pārvēršot to par nātrija hlorīdu – nevis hlora gāzi), un kopumā tas būtu jāizmanto 3 mēnešu laikā pēc izgatavošanas. Ja to  uzglabās tiešā saules gaismā pieejamo hlora daudzums samazināsies straujāk. Tāpat būtu jāuzglabā atsevišķi no citām ķīmiskām vielām, jo īpaši skābēm, jo sajaucot šos divus produktus var izdalīties hlora gāze kas var būt letāla. Ideālā variantā nātrija hipohlorīts tiek automātiski dozēts izmantojot hlora izturīgu dozēšanas iekārtu, lai nodrošinātu nātrija hipohlorīta saturošu līdzekļu pareizu izmantošanu.

Ūdeņraža peroksīds

Ūdeņraža peroksīds darbojas tāpat kā nātrija hipohlorīts, bet var nebūt tik efektīvs pret tik daudziem mikroorganismiem. To lieto galvenokārt dzērienu un alus ražotnēs, jo tas ir mazputojošs un  lieliski piemērots CIP sistēmās. Parasti 0,03% šķīdums dos 100 ppm ūdeņraža peroksīda, šādai koncentrācijai var nebūt nepieciešama virsmas skalošana. Izmantojot paaugstinātā temperatūrā, ūdeņraža peroksīds kļūst efektīvāks. Tas nav drošs lietošanai uz alumīnija, cinka, alvas, vai to sakausējumiem.

Peroksietiķskābe

Neoksidējoši dezinfekcijas līdzekļi:

Četraizvietotā amonija savienojumi (QAC)

QAC ir visplašāk izmantotie biocīdi pārtikas un dzērienu aprites uzņēmumos. Atbilstoši izstrādāti produkti ir efektīvi pret gram pozitīvām baktērijām un pret gram negatīvām baktērijām, bet mazāk efektīvs pret sporām, pelējumiem un sēnītēm. QAC saturoši dezinfekcijas līdzekļi ir stabili un parasti nepiesārņo pārtiku. Dezinfekcijas līdzekļa efektivitāti var samazināt, ciets ūdens, organiskie materiāli un daži plastmasas izstrādājumi. Lai uzlabotu QAC efektivitāti to sastāvam bieži pievieno sveķvielas un ne jonu mazgāšanas līdzekļus.

Spirti

Ja ir nepieciešams veikt vieglu tīrīšanu un dezinfekciju, īpaši vietās kur var veikt tikai sauso uzkopšanu, piemēram, maizes ceptuvēs, tad īpaši piemēroti ir spirta saturoši līdzekļi. Parasti tas ir spirta un QAC maisījums ar nelielu daudzumu mazgāšanas līdzekļa piedevām kas veidots, lai nodrošinātu labu dezinfekciju maz piesārņotā vidē tādējādi samazinot izmantoto ūdens daudzumu. Spirtu saturoši līdzekļi pēc uzklāšanas ātri nožūst, tādējādi nav nepieciešamība tos noslaucīt vai noskalot no virsmas. Jāuzmanās, tā kā spirtu saturoši līdzekļiem ir augsta ugunsbīstamība, jo parasti tajos tiek izmantots etanols un iso-propanols. Spirtu saturoši dezinfekcijas līdzekļi parasti tiek izmantoti arī roku dezinfekcijas līdzekļos ko lieto pēc roku mazgāšanas. Tie satur 60 līdz 70% spirta kas nodrošina ātru iedarbību.

Laika un koncentrācijas ietekme

Kontakta laiks un koncentrācija ir divi no svarīgākajiem faktoriem, kas var ietekmēt dezinfekcijas līdzekļa efektivitāti. Lai gan daži dezinfekcijas līdzekļi ir efektīvi dažu minūšu laikā, vairumā gadījumu ieteicamais kontakta laiks ir vismaz 15-20 minūtes. Īsāks kontakta laiks var izraisīt neefektīvu mikroorganisma skaitu samazinājumu uz dezinficējamās virsmas. Dezinfekcijas līdzekļi vienmēr jālieto ražotāja ieteiktajās koncentrācijās un arī virsmu pārklājums ir ļoti svarīgs. Jāpievērš uzmanība uzklājot dezinfekcijas līdzekli uz horizontālām virsmām, jo pēc  virsmu skalošanas uz tām var uzkrāties ūdens kas atšķaidīs dezinfekcijas šķīdumu.